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2009-04-16

Galaxy DBCLS のβ公開はじめました

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Galaxy DBCLS のβ公開がはじまりました。DBCLS で開発しているテキストマイニング関連などのツールが利用できます。

screenshot http://img.skitch.com/20090418-kh18wg9ucgr8y2ukhfbi6wimmp.jpg

BioHackathon 2009 の成果である Galaxy i18nApache mod_openid による認証をつかっています。DBCLS OpenID をつかってログインできます。

既知の不具合として、Safari の場合認証後に真っ白いページに遷移する場合が知られています。その場合はgalaxy.dbcls.jpドメインのクッキーを削除して再度アクセスしてください。


TogoWS ツール

http://img.skitch.com/20090418-8cseqh5an2b79pjaahqi76ca47.jpg

TogoWS REST API を利用するツールです。

Search は検索クエリを直接入力するツールです。検索対象名前空間はメニューから選択します。検索結果のリストが得られます。

Search with History は、ヒストリのデータをクエリにして検索することができます。たとえば、Get Data/Upload File で ABC という文字列データを入力し、データを登録します。それをクエリとして TogoWS を検索することができます。

Get Value of a Given Field は、ヒストリのデータをクエリにしてエントリのフィールド値を取得することができます。フィールド名は、対象データベース名や名前空間から調べることができます。例:ncbi-pubmed の利用可能なフィールド名:

$ curl http://togows.dbcls.jp/entry/ncbi-pubmed
abstract
au
authors
doi
mesh
so

Text Mining ツール

http://img.skitch.com/20090418-8tgaq4rty5bju3b2ry1rjt2293.jpg

DBCLS で開発されているテキストマイニングツールのツールです。

OReFiL Search は OReFIL を検索するためのツールです。

OReFiL Search with History は OReFIL の検索クエリをヒストリから与えるツールです。

MEDLINE search ツール

http://img.skitch.com/20090418-nqcya6n7prri49rfnwg4q4n2fs.jpg

全文検索エンジン Apache LUCUNE を使用して MEDLINE abstracts を検索するツールです。

rss ツール

http://img.skitch.com/20090418-f5nme3ycj73r88dxqq9585h7ih.jpg

ヒストリからRSSを生成するツールです。これは、定期的に更新するワークフローの最後でRSSを生成する目的を意図しています。

Data Viewer ツール

http://img.skitch.com/20090418-f5nme3ycj73r88dxqq9585h7ih.jpg

Galaxy はテキストデータを中心にあつかっていますが、PDB のエントリは立体構造で可視化してみてみたいし、データベースエントリIDはそのオリジナルサイトでの表示をみたくなります。それをブックマークレット技術を利用して、領域選択+ワンクリックでおこなえるようにするものを提供しています。PDBj jV 表示と Pfam 表示が提供されています。

これら以外の ID に対応したものは 502 Bad Gateway で提供されています。


まとめ

  1. Galaxy DBCLS を公開しました。
  2. 国際化対応、OpenID 認証済み。
  3. DBCLS で開発した各種ツールが利用できます。
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