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2010-06-22

DDBJやPDBjやMEDLINEやUniProtのRDFのトリプル数

| 16:07 |  DDBJやPDBjやMEDLINEやUniProtのRDFのトリプル数 - ゲノム周辺 を含むブックマーク はてなブックマーク -  DDBJやPDBjやMEDLINEやUniProtのRDFのトリプル数 - ゲノム周辺  DDBJやPDBjやMEDLINEやUniProtのRDFのトリプル数 - ゲノム周辺 のブックマークコメント

最近扱っているデータのスケールを調べました。

規模感

トリプル数の計算は、rapper -c を利用した。

データベースファイル数ファイルサイズトリプル数
DDBJ 299 ~300GB 6.6G
PDBj 65378 ~133G 1.4G
MEDLINE 617 ~12G 0.7G
uniprot-rdf 12 133G 2.4G

まとめ

  1. メジャーな公共データベースではギガオーダーのトリプルが存在している。
  2. ファイルサイズは100G越えもあたりまえ。
  3. rapper -c の計算だけでも数時間かかる。(並列化で短縮は可能)
  4. 参考として、Bio2rdf にあるデータのトリプル数は http://sourceforge.net/apps/mediawiki/bio2rdf/index.php?title=Namespace にある。

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2010-05-30

HCLS の最近の活動から箇条書き

| 20:18 |  HCLS の最近の活動から箇条書き - ゲノム周辺 を含むブックマーク はてなブックマーク -  HCLS の最近の活動から箇条書き - ゲノム周辺  HCLS の最近の活動から箇条書き - ゲノム周辺 のブックマークコメント

5月14日のエントリ HCLS trends and NCBO's SPARQL endpoint! から箇条書きで抜粋してみます。

  1. Electronic Health Records (EHRs) のデモを作ろうとしている。そのために、Semantic Web デモに利用可能な臨床データをさがしている。
  2. 2月のC-SHALS 以降、由来(provenance)がキーテーマになりつつある。
  3. BioRDFタスクフォースは、マイクロアレイデータ(遺伝子リスト、実験条件など)のモデル化のよい方法を模索している。
  4. Scientific Discourse タスクフォースは、myExperiment.org にストアされているような計算機実験やグループでの議論をかたちづくる文をどのようにモデル化するかを調べている。
  5. Translational Medicine Ontology タスクフォースも由来問題を調べはじめた。
  6. NCBO が実験的にSPARQLエンドポイントから直接つながった Linked Data のプロジェクトをはじめた。
  7. ブラウザ用UI http://sparql.bioontology.org/webui/ とアプリ用エンドポイント http://sparql.bioontology.org/sparql/
  8. これによって、OBO のすべてをふくむリソースに直接アクセスしたアプリケーションを作る事が出来る。

とのこと。

screenshot screenshot screenshot

補足

  1. NCBI の SPARQL エンドポイントのチュートリアルはこちら:http://sparql.bioontology.org/tutorial/
  2. RDFストアは Mulgara を使用。

screenshot

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