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chatanaの日記

2009-05-13Briefings in Bioinformatics セマンティックウェブ特集号を読みながら集めた

Semantic Web for Health Care and Life Sciences: A Review of the State of the Art

http://bib.oxfordjournals.org/content/vol10/issue2/index.dtl

HCLS/WWW2008 HCLS=Health Care and Life Science Interest Group in W3C

http://esw.w3.org/topic/HCLS/WWW2008

  • HCLSグループの構築したKB

HCLS-KB :A Prototype Knowledge Base for the Life Sciences

http://www.w3.org/TR/hcls-kb/

Bio2RDF : Semantic web atlas of postgenomic knowledge

http://bio2rdf.org/

  • パスウェイ関係のKB

PKB : Pathway Knowledge Base

  • Mobyグループが取り組んでいるSWプロジェクト

Cardio SHARE/Moby2 project

http://cardioshare.icapture.ubc.ca/cardioSHARE/query

SCF:Science collaboration network

http://www.stembook.org/

  • Named Graph アプローチと SPARQL

中尾君のまとめページ

http://lifesciencedb.g.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20090424/rdf_named_graph_sparql

  • 永続的なURIを発行するアクティビティ

PURL: Persistant Uniform Resource Locator

http://purl.org/

The National Center for Biomedical Ontology

http://www.bioontology.org/

BioPortal 2.0

http://bioportal.bioontology.org/

  • SWの一般的な総説

SWはバイオメディカル分野で役にたっていると書いてある

The Semantic Web in Action (Scientific American December 2007)

http://www.thefigtrees.net/lee/sw/sciam/semantic-web-in-action#foaf

  • 実例1 (URL無し)

SAPPHIRER

Situation Awareness and Preparedness for Public Health Incidences using Reasoning engines

テキサス州ヒューストン地域の8つの救急医療指定病院から10分ごとにデータを受け取る。治療事例、患者が報告した症状、電子カルテ、臨床医のコメントなど。ハリケーンカトリーナ被災者のアンケートと専門家の報告を統合し、疫病の発生を従来よりも短期間に特定できた。

  • 実例2 (URL無し)

find genes to cause Heart disease

Cincinnati Children's Hospital medical center

心臓病に関連する遺伝子をピックアップ。複数のDBRDFで統合

  • 実例3

semantic browser

http://knoesis.wright.edu/library/tools/semanticbrowser/

  • 実例その他 (URL無し)

Eli lilly: drug target

Pfizer: protein protein interaction

  • NCBIのバイオシステム検索サービス

SWとか使ってなさそうだけど、使わなくてもよさげなものができる例?

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosystems/

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