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chatanaの日記

2009-06-05

シンポジウムの要旨をTogoDBで作成

19:18

2009年6月12日に開かれる統合データベースプロジェクトシンポジウムの要旨をTogoDBを使って公開しました。

http://togodb.dbcls.jp/symposium2009

TogoDBは研究者がよく作るエクセルのテーブルを簡単にデータベース化して、検索もできて、専用のURLで公開できてしまうというツールです。無料で誰でも使えます。

今回のシンポジウムの要旨は100件に満たないものだったのでTogoDBにぴったりだった。

編集するときにInternet Explorer 以外のブラウザは編集が保存されないという不具合もあったが、

一度使うと、手放せないツールの一つになると思う。

それに加えてこの手の単発のシンポジウムの要旨などを、どう蓄積していけばいいかということについても考えさせられた。

シンポジウムなどに出席するとその場でパンフレットが配布されるが、後から参照したりするには不便である。つまりネット上で公開されていないと意味がないのだが、ネットに載せるべき要旨情報の必要最低限は何かとか、あと、シンポジウムのウェブサイトなんかは終わってしまえば無用のものになるのだが、要旨は残して検索されることで意味を持つので、なるべくわかりやすくて残りやすいURLがいいんだけどなとかを考えさせられた。

dwfmzlsndpdwfmzlsndp2013/12/16 21:28cnwbjmjgftdjfodfec, <a href="http://www.kuixwqicek.com/">rotxlofefx</a> , [url=http://www.kcqzxbzqzc.com/]xrjqonbfbb[/url], http://www.xjccgwprfw.com/ rotxlofefx

2009-05-22

アーカイブサービスから新たに寄託されたDBが公開されました

17:01

統合データベースプロジェクトのアーカイブサービスに

GlycoProtDBとかづさDNA研究所の植物ESTが追加されて、

まずは自前のデータベースから始めたサービスがとても良くなりました。

http://dbarchive.lifesciencedb.jp/jp/dblist.html

まさにオープンデータだ。

Linked Data

16:55

セマンティックウェブの話の続き

The Web KANZAKI にリンクするオープンデータという講演会資料がアップされました。

http://www.kanzaki.com/works/2009/pub/0522eic.html

Linked open data プロジェクトで複数のオープンデータをRDFで表現してリンク付けた結果の図を見ると

GeneID, KEGG, UniProt, OMIMなどの名前が並んでいる。

リンクを辿っていくのは生命科学分野の者としては昔からよくやっていることですが、

統合を考える上でやはりSWは無視できないのか

f:id:chatana:20090522164734p:image

SweoIGTaskForcesCommunityProjectsLinkingOpenData から図を引用

http://esw.w3.org/topic/SweoIG/TaskForces/CommunityProjects/LinkingOpenData/

KellsieKellsie2011/10/24 09:15I told my kids we'd play after I found what I ndeeed. Damnit.

dbkiimskphdbkiimskph2011/10/25 00:38O3qOib <a href="http://upmkctnbmthy.com/">upmkctnbmthy</a>

xugkdrjwxugkdrjw2011/10/26 19:132reNNq <a href="http://vcyjdaoonjjt.com/">vcyjdaoonjjt</a>

amfimmuqlmamfimmuqlm2011/10/27 00:25tDYUSN , [url=http://emqcrlstkgyj.com/]emqcrlstkgyj[/url], [link=http://xwkyujvfdryo.com/]xwkyujvfdryo[/link], http://iagnhvgacnrm.com/

2009-05-13Briefings in Bioinformatics セマンティックウェブ特集号を読みながら集めた

Semantic Web for Health Care and Life Sciences: A Review of the State of the Art

http://bib.oxfordjournals.org/content/vol10/issue2/index.dtl

HCLS/WWW2008 HCLS=Health Care and Life Science Interest Group in W3C

http://esw.w3.org/topic/HCLS/WWW2008

  • HCLSグループの構築したKB

HCLS-KB :A Prototype Knowledge Base for the Life Sciences

http://www.w3.org/TR/hcls-kb/

Bio2RDF : Semantic web atlas of postgenomic knowledge

http://bio2rdf.org/

  • パスウェイ関係のKB

PKB : Pathway Knowledge Base

  • Mobyグループが取り組んでいるSWプロジェクト

Cardio SHARE/Moby2 project

http://cardioshare.icapture.ubc.ca/cardioSHARE/query

SCF:Science collaboration network

http://www.stembook.org/

  • Named Graph アプローチと SPARQL

中尾君のまとめページ

http://lifesciencedb.g.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20090424/rdf_named_graph_sparql

  • 永続的なURIを発行するアクティビティ

PURL: Persistant Uniform Resource Locator

http://purl.org/

The National Center for Biomedical Ontology

http://www.bioontology.org/

BioPortal 2.0

http://bioportal.bioontology.org/

  • SWの一般的な総説

SWはバイオメディカル分野で役にたっていると書いてある

The Semantic Web in Action (Scientific American December 2007)

http://www.thefigtrees.net/lee/sw/sciam/semantic-web-in-action#foaf

  • 実例1 (URL無し)

SAPPHIRER

Situation Awareness and Preparedness for Public Health Incidences using Reasoning engines

テキサス州ヒューストン地域の8つの救急医療指定病院から10分ごとにデータを受け取る。治療事例、患者が報告した症状、電子カルテ、臨床医のコメントなど。ハリケーンカトリーナ被災者のアンケートと専門家の報告を統合し、疫病の発生を従来よりも短期間に特定できた。

  • 実例2 (URL無し)

find genes to cause Heart disease

Cincinnati Children's Hospital medical center

心臓病に関連する遺伝子をピックアップ。複数のDBRDFで統合

  • 実例3

semantic browser

http://knoesis.wright.edu/library/tools/semanticbrowser/

  • 実例その他 (URL無し)

Eli lilly: drug target

Pfizer: protein protein interaction

  • NCBIのバイオシステム検索サービス

SWとか使ってなさそうだけど、使わなくてもよさげなものができる例?

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosystems/